В процессе сертификации проводится проверка качества и подтверждение заявляемых свойств БАД. Рассматриваются результаты клинических исследований конкретных биологически активных добавок, научные данные о свойствах их ингредиентов. По результатам этих работ, Экспертный совет Системы может дать возможность производителю вынести на упаковку дополнительные сведения о действии БАД (кроме обязательных данных о составе и количественном содержании пищевых веществ), утвердить инструкцию по применению, содержащую подтвержденные сведения об их эффективности.

Все БАД прошедшие сертификацию маркируются специальным Знаком соответствия.

В 2005 году Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека в соответствии с Федеральным законом «О техническом регулировании» была создана система добровольной сертификации биологически активных добавок к пище, пищевых добавок и пищевых продуктов полученных из генетически модифицированных источников. Тогда же был аккредитован орган системы: Автономная некоммерческая организация «Центр сертификации биологически активных добавок к пище, пищевых добавок и пищевых продуктов, полученных из генетически модифицированных источников» (АНО «Центр СанПитКонтроль»). Сегодня нашими партнерами являются крупнейшие производители и дистрибьюторы БАД, в числе которых такие крупные и авторитетные компании, как «Эвалар», «Диод», «Экомир», «КРКА», «Ферросан Интернейшнл А/С», «Гринвуд», «Фармакор», «Вайет», «Херби Текнолоджис Инк» и другие. Всего более 50 компаний.